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宇智波雨与绝来到雨忍村，发现这里已燃烧起熊熊的火燃，看来雨之国山椒鱼半藏的时代彻底结束了。
佩恩六道与小南出现在两人身后，望着这场大火默然无语。杀掉半藏和与半藏有关联的人，并没有让两人尝到复仇的快感，反而让两人深深的明白，他们手中已经沾满了血腥，再也回去不当初那样，追逐美好梦想的时刻了。
“小南老师。”宇智波雨走了过来，轻轻牵起小南的手，对方并没有任何反应。
“小南老师，无论如何，你还有我和长门。”宇智波雨看到小南默然的模样，不觉有些心疼，轻轻的安慰着小南。
“谢谢你，雨……”
……
由于宇智波雨的出现，佩恩几人提前展开了复仇，此时的宇智波鼬与赤沙之蝎均是还未长大的小鬼，忍界表面仍是风平浪静的，所以带土暂时并没有提及扩充晓组织的想法，而是吩咐佩恩等人先建设雨之国。
自上次一战，雨之国的顶端战力多了佩恩，小南，宇智波雨等影级强者，可是从上忍到下忍直接出现断层的情况，目前来说，恢复国力与养精蓄锐才是尤为重要的。
经几人商议，佩恩决定全面封锁雨之国，以神的名义治理整个国家，小南则作为神之天使，代替长门作为名面上的首领人物。带土与绝对此丝毫不感兴趣，不知道在谋划些什么，已经很久不曾出现了。
佩恩强制整合了雨之国的剩余势力，让其充当维护雨之国正常运转的工具。而且收养雨之国众多的孤儿，把他们培养为接替雨之国的下一代忍者，例如紫阳花，睡莲，芙蓉等人。
而宇智波雨则带上面具，担任雨之国暗部的猎杀首领，替佩恩处理一些暗地里的任务，如外村的间谍，刺客。
至于首领什么的，则是雨自己称呼自己的，因为在新的雨之国中，高中端战力稀缺，为了情报保密，所谓的暗部，目前只有他一人。
……
三年后……
……
“雨哥哥，今天能指导我的纸遁忍术吗。”紫阳花搂着宇智波雨的胳膊，她在国之国唯有的亲人便是宇智波雨等人，所以每次当宇智波雨有空时，她总喜欢缠着宇智波雨教她忍术。
宇智波雨已经十一岁了，火影世界相对来说发育的都比较早，原著中宇智波鼬十一岁便加入了暗部，十三岁便屠杀了全族，当时的外貌已与成年人无异。
